La zona rural del municipio está compuesta por veinticinco veredas. Las veredas de Zipaquirá son:

 

• Barandillas

• Barro Blanco

• El Empalizado

• El Rudal

• El Tunal

• La Granja

• Loteo Banoy

• Loteo Malagón

• Loteo Pedroza

• Loteo Susagua

• Páramo de Guerrero

• Santa Isabel I

• Pasoancho

• Río Frío

• Rivera de Susagua

• San Gabriel

• San Isidro

• San Jorge

• San Miguel

• Santiago Pérez

• Ventalarga

• Santa Clara

• Prados del mirador

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